Trong một thế giới hậu tận thế, phần còn lại duy nhất của loài người ở Nhật Bản là thành phố pháo đài Tokyo-3, nơi con người cố gắng sinh tồn trước sự tấn công của những sinh vật khổng lồ mang tên Angels. Shinji Ikari, cậu bé 14 tuổi, được cha mình – Gendou Ikari, lãnh đạo của tổ chức ngầm NERV – triệu tập đến để lái Evangelion, một cỗ máy khổng lồ được tạo ra nhằm chống lại Angels. Dù ban đầu miễn cưỡng, Shinji vẫn đồng ý, một phần vì khao khát được cha công nhận. Bị ném vào cuộc chiến sinh tử giữa con người và những sinh vật hủy diệt, Shinji buộc phải tìm kiếm trong chính mình ý chí, lòng dũng cảm và lý do để tiếp tục chiến đấu — không chỉ chống lại Angels, mà còn chống lại nỗi cô độc và áp lực vô hình đè nặng trong tâm hồn.