Khi mối đe dọa từ các Angels ngày càng dữ dội, lực lượng phòng thủ của loài người bị đẩy đến giới hạn cuối cùng, với NERV vẫn là tuyến phòng thủ quan trọng nhất. Shinji Ikari và Rei Ayanami được tăng cường bởi hai phi công mới: Asuka Langley Shikinami – cô gái nóng tính, kiêu ngạo nhưng tài năng xuất chúng và Mari Illustrious Makinami – một phi công bí ẩn với phong cách chiến đấu khác thường. Cùng nhau, họ điều khiển những cỗ máy khổng lồ Evangelion, được trang bị vũ khí tối tân để đối đầu với các sinh vật khổng lồ hủy diệt. Tuy nhiên, khi những bí mật kinh hoàng dần được hé lộ, các phi công trẻ phải đối mặt với câu hỏi đáng sợ hơn: kẻ thù thật sự của nhân loại là Angels… hay chính bản thân con người?