Mười bốn năm sau Third Impact, Trái Đất đã trở thành một vùng hoang tàn hậu tận thế, nơi nền văn minh loài người gần như sụp đổ và những người mà Shinji Ikari từng quen biết giờ đây đều đã thay đổi đến mức không còn nhận ra. Bị phong ấn trong Evangelion Unit-01 suốt nhiều năm, Shinji được Asuka Langley Shikinami và Mari Illustrious Makinami giải cứu từ ngoài không gian — nhưng ngay sau đó lại trở thành tù nhân của WILLE, tổ chức quân sự do Misato Katsuragi lãnh đạo. Misato, người từng là chỗ dựa tinh thần của cậu, nay lạnh lùng và đầy oán trách, coi Shinji như kẻ gây nên thảm họa khiến thế giới diệt vong. Giữa cơn hỗn loạn của tội lỗi và cô lập, Shinji được Rei Ayanami cứu khỏi WILLE và đưa trở lại tổng hành dinh NERV. Tại đây, cậu gặp Kaworu Nagisa, một chàng trai bí ẩn mang đến cho Shinji sự cảm thông và ánh sáng giữa tuyệt vọng. Tuy nhiên, sự bình yên mong manh ấy nhanh chóng tan vỡ khi Shinji nhận ra trận chiến sắp tới không còn là chống lại Angels, mà là đối đầu với những người từng là đồng đội. Trong cuộc chiến tàn khốc ấy, Shinji buộc phải đối mặt với hậu quả từ chính hành động của mình, và thấu hiểu rằng — quá khứ không thể nào cứu chuộc được.