Sau thất bại của NERV trong việc thu hồi Thương Longinus và kích hoạt Dự án Nhân loại bổ sung, thảm họa Fourth Impact đã được ngăn chặn phần lớn. Trong hỗn loạn còn sót lại, Shinji, Asuka và Rei đặt chân đến Làng 3 — nơi trú ẩn hiếm hoi của nhân loại chưa bị hủy diệt. Tại đây, Shinji dần đối mặt với quá khứ và lần đầu trải nghiệm một cuộc sống bình thường, rời xa vai trò phi công Evangelion. Tuy nhiên, NERV vẫn âm thầm chuẩn bị cho một Impact mới. Khi chiến hạm của WILLE xuất hiện, Shinji quyết định quay lại, tin rằng mình vẫn có thể cứu mọi người. Những bí mật dần hé lộ, cuộc đối đầu giữa WILLE và NERV cận kề, và số phận của thế giới một lần nữa được đặt lên vai Shinji — liệu đây có phải là cơ hội cuối cùng để cậu cứu lấy nhân loại?