Cuộc Chiến Chén Thánh Lần Thứ Năm vẫn tiếp diễn, và sự hỗn loạn ngày càng leo thang, đẩy tất cả những kẻ tham gia vào tình thế nguy hiểm hơn bao giờ hết. Shirou Emiya tiếp tục lao vào cuộc chiến với khát vọng trở thành anh hùng công lý, người có thể cứu tất cả mọi người. Cậu quyết tâm truy tìm sự thật đằng sau cái bóng đen bí ẩn cùng chuỗi án mạng của nó, với mục tiêu đánh bại mối đe dọa này. Trong khi đó, Shinji Matou bắt đầu triển khai những âm mưu của riêng mình, dùng Sakura Matou — em gái hắn — để uy hiếp Shirou. Shirou và Rin Tohsaka đối đầu với Shinji, hy vọng có thể giải thoát Sakura khỏi sự ngược đãi tàn nhẫn của anh trai cô. Tuy nhiên, sự thật xấu xí về mối quan hệ giữa hai anh em nhà Matou dần bị phơi bày, kéo theo hàng loạt bí mật đen tối được lật mở. Fate/stay night Movie: Heaven’s Feel – II. Lost Butterfly tiếp tục xoay quanh các Master và Servant còn lại khi họ chiến đấu lẫn nhau để giành lấy Chén Thánh. Thế nhưng, khi bóng tối ngày càng lan rộng khắp thành phố Fuyuki, ngay cả bản chất và sự tồn tại của cuộc chiến thiêng liêng này cũng đứng trước nguy cơ sụp đổ.