Cuộc Chiến Chén Thánh Lần Thứ Năm tại thành phố Fuyuki đã bước vào bước ngoặt sinh tử, khi tính mạng của toàn bộ những kẻ tham chiến đều bị đe dọa và kẻ thù ẩn mình cuối cùng cũng lộ diện. Khi Shirou Emiya, Rin Tohsaka và Illyasviel von Einzbern dần khám phá ra bản chất thật sự đầy mục ruỗng của cái bóng đang tàn phá thành phố, họ nhận ra tình thế đã nguy cấp đến mức nào. Để bảo vệ những người mình yêu quý, cả nhóm buộc phải đứng lên chống lại một thế lực tưởng chừng không thể đánh bại — kể cả khi kẻ địch đó từng là đồng minh, hay thậm chí là người thân cận nhất. Khi hồi kết của cuộc chiến hỗn loạn này bắt đầu, những lý tưởng mà Shirou luôn tin tưởng sẽ bị đẩy vào một lựa chọn đau đớn tột cùng: Liệu có thể cứu rỗi một thế giới mà mọi thứ dường như đã sai lầm ngay từ đầu hay không?