Sau một năm ở Mỹ, Kurisu Makise trở lại Akihabara và hội ngộ với Rintarou Okabe. Tuy nhiên, niềm vui tái ngộ không kéo dài khi Okabe bắt đầu nhìn thấy những ký ức vụt qua từ các dòng thời gian khác, hậu quả của những lần du hành thời gian trước đây. Cuối cùng, anh biến mất hoàn toàn khỏi thế giới, và chỉ còn Kurisu là người duy nhất còn nhớ đến sự tồn tại của anh. Giữa nỗi tuyệt vọng, Kurisu phải đối mặt với một lựa chọn đau đớn: làm theo lời Okabe, từ bỏ việc can thiệp vào thời gian để bảo vệ cân bằng của các thế giới song song, hay phớt lờ tất cả để cứu lấy người mà cô trân trọng nhất. Dù chọn con đường nào, quyết định ấy sẽ làm rung chuyển quá khứ, hiện tại và tương lai của họ mãi mãi.