Sau khi vượt quá giới hạn chịu đựng, Rintarou Okabe quyết định từ bỏ việc giúp đỡ Suzuha Amane trong sứ mệnh ngăn chặn Chiến tranh Thế giới thứ ba, vì tin rằng mọi nỗ lực cứu Makise Kurisu đều vô ích. Anh chôn vùi quá khứ, từ bỏ danh xưng “nhà khoa học điên” và cố gắng sống như một sinh viên bình thường. Dù bạn thân Mayuri Shiina tin rằng Okabe đang dần hồi phục sau những tổn thương, trong sâu thẳm, anh vẫn mang nặng nỗi ám ảnh và tội lỗi chưa thể xóa nhòa. Bộ phim Steins;Gate: Kyoukaimenjou no Missing Link - Divide By Zero mở ra một nhánh thời gian quan trọng, nơi định mệnh bắt đầu vượt khỏi tầm kiểm soát và thử thách giới hạn của con người trước sức nặng của thời gian.