Sau cái chết của một người bạn thân, Shinji Ikari rơi vào trạng thái suy sụp tinh thần, không còn khả năng điều khiển Evangelion Unit-01. Trong lúc đó, NERV dưới quyền Gendou Ikari chạy đua với tổ chức bí ẩn SEELE để thực hiện kế hoạch cuối cùng của mình. SEELE muốn hợp nhất linh hồn con người để tạo ra một thực thể như thần, còn Gendou lại khao khát đưa toàn nhân loại trở về một thể thống nhất nhằm được đoàn tụ với người vợ đã mất. SEELE phát động cuộc tấn công tổng lực vào tổng hành dinh NERV, tàn sát không thương tiếc. Giữa hỗn loạn, Asuka Langley Souryuu điều khiển Unit-02, đơn độc chống lại lực lượng áp đảo của SEELE trong trận chiến sinh tử. Khi thế giới đứng bên bờ sụp đổ, Shinji trốn sâu trong căn cứ, bị giằng xé bởi nỗi tuyệt vọng. Misato Katsuragi buộc phải tìm cậu, bởi số phận của nhân loại một lần nữa phụ thuộc vào quyết định của Shinji.